1965年，原贵阳医学院祖国医学系、贵州省中医研究所、贵州省卫生干部进修学校、贵阳市中医医院合并组建贵阳中医学院。

1978年，学院增设了中医研究班，招收工作8年以上的大专专业的中西医在职干部，1979年开始招收中医研究生。

1981年，学校获硕士学位授予权，是国务院学位委员会批准的首批硕士学位授权单位之一。

2001年，贵州省中医研究院、贵州省中药研究所合并组成贵州省中医研究院后整体并入贵阳中医学院。

2002年3月，创办于1978年的滇黔桂石油技工学校整体划归贵阳中医学院。

2004年，学校成为贵州省重点支持建设高校。

2007年，学校被评为本科教学工作水平评估“优秀”院校。

2009年，学校被科技部评为“国家中药现代化科技产业基地建设优秀单位”。

2011年，学校被教育部评为“‘十一五’高校科技管理优秀团队”。

2012年，获批为中小学教师国家级培训计划集中示范性培训基地。

2015年，“卓越中医师培养计划”获批国家级人才培养模式创新试点。

2016年，成为国家中医药管理局和贵州省人民政府共建高校。同年11月，通过中药学专业专业认证；12月，通过教育部本科教学审核评估。

2018年12月，贵阳中医学院更名为贵州中医药大学。

2019年2月，学校被评为国家节能示范单位。

2021年10月，经国务院学位委员会批准增列为博士学位授予单位。

2022年12月，贵州省人民政府对省教育厅会同省发展改革委、省财政厅报来的《关于支持贵州中医药大学有关事宜的请示》作出批复：原则同意将贵州中医药大学办学规模调整至25000人（全日制本科生20000人、研究生5000人）。