以下是一些被广泛认为比清华大学厉害的日本学校：

东京大学 ：

综合实力 ：稳居日本国内第一位，与排名第二位的京都大学共同构成日本科教金字塔的最尖端。

全球声誉 ：作为日本最高学术殿堂和七所旧帝国大学之首，其在全球都享有极高的声誉。

学科优势 ：在医学、力学、文学、政治学和工学等领域拥有学术影响力，在建筑学、土木等领域更是居于头部队列。

京都大学 ：

综合实力 ：被誉为“科学家的摇篮”，与东京大学并称为日本的“清华北大”。

全球声誉 ：作为日本第二所设立的旧制帝国大学，在全球享有很高的声望。

学科优势 ：在绝大部分学科上的难度都是与东京大学并列第一。

早稻田大学 ：

人气指数 ：是很多国人心中日本排名第一的大学。

知名校友 ：出身早稻田大学并且为国人所知的莫过于村上春树。

入学难度 ：与庆应义塾大学并称为“日本私立双雄”，号称入学难度最高的“御三家”之一。

大阪大学 ：

历史底蕴 ：其理科起源于1838年的“适塾”，文科起源于1724年的西日本第一汉学塾怀德堂。

学科优势 ：在多个学科领域都有显著的学术贡献。

东京工业大学 ：

理工科实力 ：是日本理工科大学之最，专攻工程技术与自然科学。

全球排名 ：2021年QS世界大学排名世界第56位。

合作项目 ：与清华大学共同设立了“清华大学-日本东京工业大学双硕士学位项目”。

这些学校在学术实力、全球声誉和特定学科领域都有卓越的表现，因此可以认为它们在某些方面比清华大学更为出色。不过，具体排名和影响力可能会随时间和评价标准的变化而有所不同。