南京大学是多个高校联盟的重要成员，包括：

九校联盟 ：由复旦大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、中国科学技术大学等九所顶尖大学组成。

长三角研究型大学联盟 ：旨在加强长三角地区高校的合作与交流。

中国大学校长联谊会 ：促进中国大学校长之间的交流与合作。

环太平洋大学联盟 ：加强环太平洋地区高校的合作与交流。

21世纪学术联盟 ：促进21世纪全球高等教育的发展。

国际应用科技开发协作网 ：加强国际应用科技领域的合作与交流。

东亚研究型大学协会 ：加强东亚地区研究型大学之间的合作与交流。

新工科教育国际联盟 ：推动新工科教育的发展。

中国高校行星科学联盟 ：加强行星科学领域的合作与交流。

珠峰计划 ：支持基础学科拔尖创新人才的培养。

强基计划 ：支持基础学科拔尖创新人才的培养。

111计划 ：支持国家重点学科的建设。

2011计划 ：推动高校协同创新。

卓越工程师教育培养计划 ：培养卓越工程师。

卓越医生教育培养计划 ：培养卓越医生。

卓越法律人才教育培养计划 ：培养卓越法律人才。

国家建设高水平大学公派研究生项目 ：支持研究生出国留学。

新工科研究与实践项目 ：推动新工科研究与实践。

全国深化创新创业教育改革示范高校 ：推动创新创业教育改革。

中国政府奖学金来华留学生接收院校 ：接收中国政府奖学金来华留学生。

教育部来华留学示范基地 ：建设留学示范基地。

国家级双创示范基地 ：推动创新创业教育。

苏港澳高校合作联盟 ：由南京大学、香港理工大学及澳门大学共同创立。

双一流高教江苏高校国际传播能力建设联盟 ：旨在提升江苏高校的国际传播能力。

这些联盟涵盖了学术研究、人才培养、国际交流等多个方面，为南京大学提供了丰富的合作资源和广阔的发展平台。