南疆地区的教育资源近年来有所发展，涵盖本科、专科及中等职业教育。以下是主要高校的整理：

一、本科层次院校

喀什大学

地址：喀什市

特点：南疆唯一综合性大学，中西部高校基础能力建设工程高校，2024年获批博士学位授权资格，全国100所转型发展试点高校之一。

新疆科技学院

地址：巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市

特点：国家级产教融合试点高校，2024年新增为本科院校。

新疆理工学院

地址：阿克苏地区

特点：阿克苏地区唯一一所本科大学。

新疆和田学院

地址：和田地区

特点：和田地区本科高校。

新疆天山职业技术大学（克州校区）

地址：克孜勒苏柯尔克孜自治州克州

特点：克州唯一一所本科大学。

塔里木大学

地址：阿拉尔市（塔里木盆地腹地）

特点：国家“双一流”建设高校，自治区与教育部“部区合建”高校。

二、专科层次院校

喀什职业技术学院

地址：喀什市

特点：南疆重点高职院校，拥有多个省级重点专业。

喀什理工职业技术学院

地址：喀什市

特点：以工科为主，省级重点建设院校。

阿克苏职业技术学院

地址：阿克苏地区

特点：南疆重要高职院校，涵盖机械、化工等专业。

巴音郭楞职业技术学院

地址：巴音郭楞蒙古自治州

特点：省级重点高职院校，支持产教融合。

和田职业技术学院

地址：和田地区