根据搜索结果，日本有以下音乐院校设有分校或合作机构：

一、综合类音乐院校的分支

东京艺术大学

作为日本顶尖的综合艺术类国立大学，其音乐学部与美术学部并称“艺大”（げいだい），培养了大量音乐和美术领域的艺术家。 - 分校：东京都台东区上野公园内，是日本唯一艺术类国立大学。

国立音乐大学

私立音乐教育的代表机构，与东京艺术大学、桐朋学园并称“日本3音大”。 - 分校：东京都立川市，以声乐专业见长，弦乐、管乐等器乐专业也处于领先地位。

二、私立音乐院校的分支

东京音乐大学

最古老的私立音乐大学，前身为1907年创立的东洋音乐学校。 - 分校：东京都目黒区，以钢琴、作曲等专业著称，国际知名艺术家常来访交流。

桐朋学园大学

私立音大中的顶尖学府，被誉为“仅次于东京艺术大学”。 - 分校：东京都调布市，专业领域均衡，尤其在作曲、指挥、弦乐等方面实力突出。

武藏野音乐大学

私立音乐研究机构，成立于1949年，是日本第一个被认可的音乐类大学。 - 分校：东京都练马区，强调音乐教育与品格培养，设有音乐学部及博士研究科。

三、其他相关院校

京都艺术大学 ：公立音乐大学，京都市立艺术大学前身，以作曲、指挥等专业见长。

爱知县立艺术大学 ：公立院校，音乐学部在地方音乐教育中发挥重要作用。

总结

日本音乐院校的分支网络覆盖公立与私立体系，东京艺术大学、国立音乐大学等综合类院校凭借历史积淀和学术资源占据核心地位，而东京音乐大学、桐朋学园大学等私立院校则以专业细分和国际化特色见长。选择时可结合个人兴趣方向（如东京艺术大学的全领域培养、国立音乐大学的声乐器乐优势等）及地理位置需求。