上海初中主科优秀的学校包括以下几所：

黄浦区 ：

上海八校之一的格致中学 及其 兄弟学校格致初级中学 ，格致中学在理科和文科教学上均处于领先地位，格致初级中学的理科班尤为出色，部分理科班面向全市招生，且升学方向良好。

上海市向明初级中学 ，地处市中心，以创新教育为特色，注重学生可持续发展，整体教学水平较高。

杨浦区 ：

上海外国语大学附属大境初级中学 ，以其外语教学优势著称，是许多学生和家长心目中的理想选择。

上海市市西初级中学 ，该校在学术成绩和升学率方面表现优异，是市重点初中之一。

浦东新区 ：

上海实验学校 ，这是一所公立学校，以其十年一贯制教育模式和严格选拔程序而闻名，学校小学阶段面向全市招生，且需要“面谈”选拔。

上海实验学校东校 ，作为上海实验学校的分校，同样享有较高的声誉。

闵行区 ：

上海闵行区友爱实验中学 ，以其优质的教育资源和现代化的教学设施而受到好评。

其他区域 ：

上海市市北初级中学 、 复旦二附中 、 上海松江九峰实验学校 、 上海民办杨浦实验学校 、 上海洋泾菊园实验学校 、 上海同济大学实验学校 、 上海尚德实验学校 、 上海进才实验中学 、 上海新黄浦实验学校 、 上海闸北成功教育实验中学 、 上海震旦外国语中学 等，这些学校均是上海市的重点初中，各有特色和优势。

这些学校在理科教学方面都有较高的声誉，尤其是格致初级中学和向明初级中学，在理科班的教学和升学方面表现尤为突出。此外，市西初级中学、上海实验学校及其东校等学校也在学术成绩和升学率方面表现优异。家长和学生可以根据自身情况和需求，选择适合的学校。