清华大学目前设有以下五大书院，分别是：

致理书院 ：致理书院是清华大学为落实国家“强基计划”于2020年成立的五大书院之一，承担“强基计划”中数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、信息与计算科学等专业的人才培养工作。致理书院依托清华理学学科强大的教研资源，面向国家重大战略需求，打造书院特色培养体系，实现宽厚基础课程、精深专业课程、创新科研实践等培养环节的有效融合贯通，旨在培养过程中夯实基础、拓展通识、促进交叉、强化创新。

日新书院 ：日新书院主要面向有志于在人文领域创造贡献，以文化传承与文明进步为己任的考生。涉及专业主要为历史学、哲学、文学等相关专业。

未央书院 ：未央书院主要面向数理化基础扎实、工科兴趣浓厚、有志于将来在国家急需的关键领域做出贡献的考生。涉及专业主要为工程类专业，如化学生物学、数理基础科学和理论与应用力学等。

探微书院 ：探微书院负责基础理科工程衔接类专业的人才培养，具体对接的专业方向未详细列出，但属于“强基计划”的一部分。

行健书院 ：行健书院同样负责基础理科工程衔接类专业的人才培养，具体对接的专业方向也未详细列出，但属于“强基计划”的一部分。

此外，清华大学还设有其他特色书院，如新雅书院和笃实书院、至善书院等，它们分别针对不同群体或教育理念进行特色化培养。