菏泽没有京杭大运河经过，但是有小规模的梁济运河。境内主要河道有东鱼河、洙赵新河、万福河、梁济运河、太行堤河、黄河故道等6条。

东鱼河

东鱼河原名红卫河，上起东明县刘楼，下至济宁市鱼台县姚村北注入昭阳湖，中经区内东明、菏泽、曹县、定陶、成武、单县6县（市）境，为区内南部主要排水河道，并接受河南省兰考县一部分客水。河道全长174.7千米，其中境内长123.2千米，流域面积共11129平方千米，其中境内5206平方千米。

洙赵新河

洙赵新河发源于东明县穆庄西，流经菏泽市北部、郓城县南部、巨野县中部，于济宁刘官屯东北注入南阳湖，全长140.7千米，境内长102.2千米，流域面积4206平方千米，境内4119平方千米。穆庄至侯集闸为上游，侯集闸至丁庄为中游，丁庄以下为下游。

万福河

万福河起源于定陶县仿山，下游于济宁渔湾村入南四湖。万福河分上下两段，大薛庄以上属东鱼河水系，以下为万福河干流。大薛庄以下到湖口全长77.3千米，境内河长36.3千米，菏济两地市边界流域面积430平方千米。

梁济运河

梁济运河北自梁山县路那里向东南，沿东平湖滞洪区西堤至邓楼，然后脱湖堤直下东南，于济宁市李集西入南阳湖。全长90千米，境内长48千米，流域面积3306平方千米，其中境内983平方千米。

太行堤河

太行堤河流至江苏省入复新河，境内长31千米，流域包括单县南部、曹县东南部，面积467平方千米。

黄河故道

黄河故道是咸丰五年（1855年）黄河北徙后所遗旧河道。故道从界牌集入曹县境，经杨堂，下河张庄、郭楼、田场、魏堤头、刘花园、葛台袁庄，在王六村南入单县境。全长91千米，流域面积381平方千米，其中曹县231平方千米，单县150平方千米。