重庆大学和郑州大学在院校历史、专业设置、地理位置、优势学科和科研实力等各有优势。

如果您倾向于理工科方向，对西南地区的风土人情有深厚兴趣，并希望在一个历史悠久，科研实力雄厚的学校深造，可以选择重庆大学的工程科学或自然科学专业。如果您更倾向于生命科学或医学领域，希望在华北地区，且有着强大医学资源的学校进行深造，可以选择郑州大学的医学或生物科学专业。详细对比如下：

1. 院校历史：重庆大学创办于1929年，是由教育部、重庆市、国家国防科技工业局共建的全国重点大学，且位列国家“双一流”、“211工程”、“985工程”。郑州大学创办于1956年，是新中国创办的第一所综合性大学，也是国家“双一流”和“211工程”建设高校。

2. 地理位置：重庆大学位于西南地区的重庆市，是中国西部地区的重要教育中心。郑州大学位于华北地区的郑州市，是华北地区的重要教育中心。

3. 特色专业：重庆大学在工程科学、自然科学等方向具有明显优势，如材料科学、土木工程、计算机科学等。郑州大学在生命科学、医学等方向具有显著优势，如临床医学、药学、生物科学等。

4. 优势学科：重庆大学的工程学、自然科学等学科实力雄厚，研究影响力较大。郑州大学的医学和生命科学等学科在国内同类学科中表现突出，研究成果丰富。

5. 科研实力：重庆大学在工程科学、自然科学等方向的科研实力强大，拥有一级学科博士学位授权点38个、博士专业学位授权点8个。郑州大学在医学、生物科学等方向的科研实力强，拥有一级学科博士学位授权点31个、博士专业学位授权点4个。