在南通通州办理房产证的流程如下：

1. 确定开发商已经进行初始登记：根据《商品房销售管理办法》第34条的规定，房地产开发企业应当在商品房交付使用之日起60日内，将其需要办理房屋权属登记的资料报送房屋所在地房地产行政主管部门。

通常主管部门办理初始登记所需时间大约为20-60日不等，因此在收房入住后的两三个月之后，可以向开发商询问办理初始登记的情况，也可以到本地的房地产交易信息网站进行查询。

2. 领取并填写《房屋（地）所有权登记申请表》：申请表填写之后需要开发商签字盖章。有的开发商手中会有现成的盖好章的表格，只需到开发商处领取并填写就行了。也可以事先向开发商询问，房产证应该在哪个部门办理，然后直接向该部门咨询，省去奔波之苦。

3. 领取测绘图（表）：由于测绘表是登记部门确定房产证上标注面积的重要依据，因此是必需的材料之一。可以到开发商指定的房屋面积计量站申请并领取测绘表，或者带身份证直接到开发商处领取，也可以向登记部门申请对房屋面积进行测绘。

4. 领取相关文件：在前面询问相关部门时，一定要明确需要领取哪些必要的申请文件，一次齐全。这些文件包括购房合同、房屋结算单、大房产证复印件等。填写好的申请表需要请开发商审核并盖章。

5. 提交申请材料：材料主要包括以下几种，盖章的申请表、签订预售合同的买卖双方关于房号、房屋实测面积和房价结算的确认书、测绘表、房屋登记表、分户平面图两份、契税完税或减免税凭证、购房者身份证明（复印件核对原件）、房屋共有的提交共有协议、银行的提前还贷证明。

6. 按照规定时间领取房产证。在办理房产证的过程中，可能会因为政策变化、申请材料不齐全等因素导致办理时间延长，建议在办理前了解最新的政策和要求，并提前准备好相关材料。