南京大学是综合类大学，中国科技大学是理工类大学。

两所大学都是国家名牌大学，有着各自的优势学科，建议根据专业来比较选择。【南京大学】南京大学（Nanjing University），简称“南大” ，是教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，国家首批“211工程”、“985工程”高校，首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”实施高校，也是九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟和东亚研究型大学协会成员。南京大学是中国第一所集教学和研究于一体的现代大学，其学脉可追溯自孙吴永安元年（258年）的南京太学，近代校史肇始于1902年筹办的三江师范学堂，先后历经多次变迁。

1920年在中国国立高等学府中首开“女禁”，引领男女同校之风。最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国最早的以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体为特征的现代大学。《学衡》月刊的创办，使得南京大学成为中西学术文化交流的中心，被誉为“东方教育的中心”。

1949年由民国时期中国最高学府“国立中央大学”易名“国立南京大学”，翌年径称“南京大学”，沿用至今。【中国科技大学】中国科学技术大学（University of Science and Technology of China），简称“中国科大”，由中国科学院直属，中央直管副部级建制，位列“211工程”、“985工程”，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“中国科学院知识创新工程”、“卓越工程师教育培养计划”，为“九校联盟”成员、中国大学校长联谊会、东亚研究型大学协会、环太平洋大学联盟成员，是一所以前沿科学和高新技术为主、兼有特色管理和人文学科的综合性全国重点大学。中国科学技术大学1958年9月创建于北京，她的创办被称为“中国教育史和科学史上的一项重大事件”；建校后，中国科学院实施“全院办校，所系结合”的办学方针，汇集了严济慈、华罗庚、钱学森、赵忠尧、郭永怀、赵九章、贝时璋等一批科学家，建校第二年即被列为全国重点大学；1970年初，学校迁至安徽省合肥市，开始了第二次创业；1978年以后，学校创办少年班、首建研究生院、建设国家大科学工程、面向世界开放办学等新举措；20世纪90年代起，学校成为国家首批实施“985工程”和“211工程”的大学之一，也是唯一参与国家知识创新工程的大学。