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白城医学高等专科学校建于1958年，当时隶属省卫生厅。

1962年下放地方并调整为中专。

1985年以来先后与原白求恩医科大学等三所高校开展联合办学。

1998、1999年先后晋升为省部级重点校、国家级重点示范校。

2001年与吉林大学共建吉林大学白城医学院，2002年白城粮食学校并入，2004年经教育部批准恢复专科学校。同年6月，原白城铁路医院划归学校作为附属医院。

2011年12月经省政府批准上划省管，成为吉林西部、大兴安岭南麓片区唯一一所省属医学类高等专科学校。

2021年，学校党委提出了创办医学本科大学和创建全国文明校园的“双创”目标，开启了全面申建医学本科大学的新征程。同时，学校加快推进新校区建设，规划建设“三馆一场一中心”的康体中心；校企合作、校院合作、产教融合的康养中心；集宿舍、食堂、教学为一体的康教中心，全面启动医教大学城建设项目，为创建医学本科大学的办学目标奠定了坚实基础。学校先后荣获省精神文明建设工作先进单位、省军(警)民共建精神文明先进单位、省级花园式学校、绿色生态校园和吉林省劳动模范集体、教育系统创先争优活动先进集体、吉林省文明单位、全省招生工作先进单位等荣誉。

2016年被评为吉林省首届黄炎培职业教育优秀学校。

2017年获批国家级职业院校数字校园建设实验校。

2018年荣获高等职业院校现代学徒制试点校、吉林省高教科研工作先进单位。

2019年，荣获首批全省党建工作示范高校、吉林省现代职业教育改革发展示范校、吉林省“三全育人”综合改革试点高校、中华职教社改革创新实验校。

2020年，荣获国家级“模范职工之家”、获批省级“双高”校。

2021年7月荣获“吉林省先进基层党组织”称号，是全省唯一一所获此称号的高职高专院校。