南京航空航天大学的控制工程专业主要在 自动化学院 进行招生和教学。自动化学院设有多个系，包括 自动控制系 、 电气工程系 、 测试工程系 和 生物医学工程系 ，其中 自动控制系 是与控制工程最相关的系。此外，自动化学院还拥有控制科学与工程博士一级学科授权点、硕士一级学科授权点，是江苏省一级重点学科，并且入选国家新一轮“双一流”建设学科。
建议学生在选择导师或专业方向时，可以重点关注自动化学院的自动控制系以及其他相关学科，以便更好地适应控制工程领域的学习和研究需求。
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