微生物考研可以考虑以下几所科研院：

中国科学院微生物研究所 ：在微生物方面具有相当高的水平，是国内微生物研究的重要基地。

中国科学院上海生命科学研究院 ：作为中国科学院下属的重要研究机构，其在生命科学领域的研究实力雄厚。

中国科学院武汉病毒研究所 ：在病毒学研究方面具有很高的声誉，是国内病毒学研究的领军机构。

北京大学 ：微生物学专业在国内具有极高的声誉和影响力，学科评估为A+。

清华大学 ：拥有强大的科研团队和丰富的教育资源，学科评估为A+。

上海交通大学 ：在微生物学领域有深厚的学术积累和研究实力，学科评估为A+。

武汉大学 ：微生物学领域是国家级重点科研单位，拥有一批高学术声誉的科研团队，学科评估为A。

江南大学 ：在微生物发酵方向具有显著优势，学科评估为A-。

南京农业大学 ：微生物学领域有较深的学术积累和研究优势，学科评估为A-。

中国农业大学 ：微生物学与病原生物学专业是国内微生物学专业的优秀代表之一，学科评估为A。

复旦大学 ：微生物学专业以其强大的研究实力、完善的教育体系和广泛的国际交流合作而著称，学科评估为A-。

浙江大学 ：微生物学领域的研究实力较强，学科评估为A-。

中山大学 ：在微生物生物防治方面很好，有国家生防重点实验室，学科评估为A-。

四川大学 ：生物学获评A-档，位列全国前5%~10%，微生物学领域实力较强。

山东大学 ：在微生物发酵及理论方面相当牛，学科评估为A-。

华中农业大学 ：微生物学领域有不错的科研实力，学科评估为A-。

南开大学 ：微生物学专业具有较高声誉，学科评估为A-。

东北师范大学 ：微生物学学科实力较强，学科评估为A-。

同济大学 ：微生物学专业也是国内一流的微生物学专业之一，拥有强大的研究和教学实力。

中国科学技术大学 ：微生物学研究实力雄厚，学科评估为A。

建议根据个人兴趣和研究方向，选择适合的学校和导师。每个学校每个导师的侧重点不同，选择时要结合本科所学课程和导师的研究方向进行筛选。