根据搜索结果，杨超的本科毕业于 中国科学技术大学数学系 。以下是相关信息的综合说明：
教育背景
杨超于2003年本科毕业于中国科学技术大学数学系。
后续发展
2007年，他在中科大获得博士学位。
后赴美留学，先后在加利福尼亚州立大学和斯坦福大学从事博士后研究，并担任访问学者。
其他身份
除数学领域成就外，杨超目前担任中山大学马克思主义理论与思想政治教育专业副教授、硕士研究生导师等职，研究方向涵盖马克思主义理论与思想政治教育、教育哲学等。
综上，杨超的本科阶段就读于中国科学技术大学数学系。
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