南京大学和复旦大学都是中国顶尖的高等学府，考研难度都很大，但具体哪个更好取决于个人的情况和需求。以下是它们之间的一些比较和建议：

学术水平和科研成果 ：

南京大学 ：在人文社会科学、自然科学、工程技术等领域都有很高的学术水平和科研成果，其中国家级科研项目和奖项的数量也非常多。南京大学拥有一批优秀的学者和科学家，如著名物理学家欧阳钟灿、著名化学家熊卫平等。

复旦大学 ：在人文社会科学、自然科学、医学等领域也有很高的学术水平和科研成果，其科研实力非常强大。复旦大学拥有一批优秀的教授和学者，如著名经济学家张军、著名生物学家陈竺等。

师资力量 ：

南京大学 ：拥有众多优秀的教授和学者，他们在各自领域内都有很高的学术造诣和影响力。

复旦大学 ：同样拥有一批优秀的教授和学者，他们在各自领域内都有很高的学术造诣和影响力。

校园环境和氛围 ：

南京大学 ：校园环境以古典园林为主，校园文化注重传统文化的传承和创新。

复旦大学 ：校园环境以现代建筑为主，校园文化注重国际化和创新精神的培养。

专业优势 ：

南京大学 ：在物理学、地理学专业方面比较有优势。

复旦大学 ：在社会科学类学科、国际关系、经济学专业方面比较有优势。

考研难度 ：

南京大学 ：相对容易一些，但具体难度也取决于专业和报考人数。

复旦大学 ：难度较大，尤其是对于外地学生来说，但上海的优势和复旦的知名度也是吸引考生的重要因素。

其他因素 ：

地理位置 ：复旦大学位于上海市，复旦大学在金融、传媒等行业最受欢迎，而南京大学在考研和公职类岗位占比较高。

专业实力 ：如果你对某个专业特别感兴趣，建议查看两校该专业的排名和师资力量，选择更适合自己的学校。

建议 ：

如果你对人文社会科学、自然科学和工程技术等领域有浓厚的兴趣，并且希望在一个注重传统文化传承和创新的环境中学习，那么南京大学可能更适合你。

如果你希望在金融、传媒等行业发展，或者对国际化和创新精神有较高要求，那么复旦大学可能更适合你。

如果你特别看重文凭的含金量，复旦大学可能是一个更好的选择，因为它的知名度、综合排名和毕业文凭含金量较高。

综合考虑以上因素，如果你对某个专业有浓厚的兴趣并且希望在该领域获得更好的发展机会，建议选择该专业实力较强的学校。同时，地理位置和未来职业发展的需求也是需要考虑的重要因素。