选择自动化考研的院校时，可以考虑以下几所顶尖学校：

清华大学 ：清华大学是国内顶尖高校，其自动化专业在教育部学位与研究生教育发展中心的三次一级学科评估中均名列第一，具有极高的声誉和就业优势。

哈尔滨工业大学 ：哈工大作为双一流高校，其电气自动化专业具有悠久的历史和优秀的师资力量，是自动化考研的热门选择之一。

浙江大学 ：浙江大学在自动化专业中实力强劲，拥有A+的排名和优秀的学科实力，备受赞誉。

上海交通大学 ：上交大学的自动化专业在智能控制和机器人方向具有显著优势，且拥有雄厚的师资和良好的教学环境。

华中科技大学 ：华科大的自动化专业在就业方向上比较广泛，既能贴近理论学习，又贴近工科实践，毕业生在多个领域都有良好的发展前景。

西安交通大学 ：西安交大脑力劳动强度大，但科研实力和历史底蕴强大，尤其在智能控制和机器人方向处于领先地位。

北京理工大学 ：北理工的自动化专业实力也较强，是考研的推荐院校之一。

天津大学 ：天津大学的机械设计制造及其自动化专业是首批批准建立的硕士点和博士点，具有很高的学术声誉。

北京航空航天大学 ：北航的自动化专业在行业内也有很高的认可度，尤其在航空航天领域。

东南大学 ：东南大学的自动化专业也具备较强的实力，且位于经济发达地区，有较好的就业前景。

根据以上信息，建议综合考虑学校的历史底蕴、科研实力、师资力量、就业前景以及个人兴趣和发展规划，选择最适合自己的院校。如果对某个学校特别感兴趣，可以进一步了解该学校的具体招生情况和专业特色。