南海水产研究所主要从事以下工作：

热带亚热带水产基础与应用基础研究 ：

涉及水产种质资源与增养殖技术、水产养殖与遗传育种、渔业资源保护与利用、渔业生态环境与污染监控、渔业生物病害防治等方面。

水产高新技术研究 ：

包括水产品加工与综合利用、水产品质量安全控制、渔业装备与工程、生物技术等高新技术领域的研究与开发。

水产重大应用技术研究 ：

针对渔业发展中的全局性、基础性、关键性和方向性问题进行研究和解决，以促进渔业的持续、稳定、健康发展。

科技成果转化与技术服务 ：

通过科技服务公司和饲料与健康养殖技术开发中心等机构，为渔业管理与规划、渔业工程、技术推广与示范等提供技术服务。

科研平台与实验室建设 ：

拥有农业部渔业生态环境重点开放实验室、广东省渔业生态环境重点实验室、农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州）、农业部南海区渔业病害防治中心等在内的多个科研平台和实验室。

国际合作与野外实验基地 ：

在广东省深圳市和海南省三亚市分别设有野外实验基地，开展相关的研究和实验工作。

人才培养与团队建设 ：

通过招聘各类人才，加强人才队伍建设，优化学科专业、岗位结构，以支持科研工作的开展。

南海水产研究所的研究成果在推动水产科学技术的发展和繁荣渔（农）村经济方面做出了积极贡献，并为我国渔业的持续、稳定、健康发展提供了有力的科技支撑和技术储备。