考研选择微生物学的专业方向包括但不限于以下几个：

资源与应用微生物学 ：研究微生物在资源利用方面的应用，如高效杀虫杀螨真菌资源及其抗逆功能基因发掘，微生物酶工程等。

病原微生物学 ：专注于病原微生物的研究，包括其生物学特性、致病机制、免疫机制和防治方法等。

微生物发酵与代谢工程 ：探讨微生物发酵过程及其代谢产物，关注微生物在工业发酵中的应用，如生物燃料、生物化学品、生物制药等。

生物防治微生物学 ：研究利用微生物进行生物防治的方法，包括微生物农药、微生物肥料等。

环境微生物学 ：研究微生物与环境之间的相互作用，包括微生物在环境监测、污染治理等方面的应用。

真菌学 ：专注于真菌类微生物的研究。

分子生物学 ：从分子角度研究生物现象，探讨生命的本质，研究生物体的分子结构与功能、物质代谢与调节。

生物化学与分子生物学 ：涉及物理、化学、数学、生物学等多学科的交叉，属于基础性研究专业。

生物技术 ：利用生物学原理和技术进行应用研究和开发。

海洋生物学 ：研究海洋中生命现象、过程及其规律的科学。

植物学 ：研究植物的形态、分类、生理、生态、分布、发生、遗传、进化等。

生理学 ：研究生物体各系统的功能和活动规律。

考研时，学生通常需要考数学（通常是数学二）和微生物学，专业课一可能包括基础微生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学等，专业课二可能包括微生物发酵与代谢工程、生物防治微生物学、环境微生物学等。具体的考试科目可能因学校和研究方向的不同而有所变化，建议考生查看当年报考院校的官方招生专业目录以获得最准确的信息。