厦门大学作为国内顶尖高校，拥有多个研究院和研究中心，涵盖自然科学、医学、管理、法律等领域。以下是截至2025年3月整理的主要研究院列表（综合多个来源）：

一、自然科学领域

环境与生态研究院

能源材料化学协同创新中心

海洋与地球科学研究院

光电子技术与系统国家重点实验室

材料科学与工程学院相关研究院 （如新能源及材料研究院）

二、医学健康领域

医学影像与核医学研究中心

癌症防治中心

生命科学研究院

法律科技研究院 （涉及医学伦理与法律交叉研究）

三、工程与技术领域

微纳科学研究院 （2024年新增）

软物质与生物仿生研究院 （2013年成立，2015年获批国家级重点实验室）

建筑互联网研究院 （校级研究机构，2024年新增）

四、经济与管理领域

经济管理研究院

财务管理与会计研究院

国际经济与贸易研究院 （部分信息未完全披露）

五、其他特色机构

台湾研究院 （促进两岸学术交流）

财务与会计研究院 （聚焦财务领域前沿研究）

教育研究院 （教育理论与实践研究）

深圳研究院 （商科领域副厅级事业单位，2000年成立）

注：部分研究院可能随学科发展调整，建议通过厦门大学官网确认最新设置。例如，医学影像与核医学研究中心、生命科学研究院等长期存在，而建筑互联网研究院等属于近年新增机构。