南京的软件研究所和机构包括：

中科院软件研究所南京软件技术研究院 ：由中国科学院软件研究所和南京市麒麟科技创新园开发建设管理委员会合作共建的地方事业单位，是中国科学院软件研究所在南京的分支机构。研究院主要面向软件技术、人工智能等领域开展基础研究和应用研究、应用示范及产业化，致力于突破核心关键技术，加速成果转移转化，建设软件产业新型智库，打造软件产业人才高地。

华为南京研究所 ：主要是数通部门，涉及硬件逻辑-FPGA、软件等。

中兴南京研究所 ：涉及数字IC、FPGA、无线通信、核心网业务、存储、软件等。

烽火通信南京烽火天地通信科技 ：南京主要是软件研发，芯片/FPGA等集中在武汉。

紫光展锐 ：南京半导体产业基地，涉及数字IC、FPGA、射频、通信软件等。

台积电南京 ：数字IC设计、工艺。

南京熊猫电子 ：涉及FPGA、嵌入式等。

南京大学计算机软件新技术研究所 ：南京大学软件学院下属的研究机构，致力于计算机软件领域的研究和教育。该研究所在人工智能、大数据、云计算等领域取得了一系列重要成果，并且与国内外的高校、企业建立了广泛的合作关系。

南京智能制造软件新技术研究院 ：由南京大学计算机学科多位知名教授牵头，依托南京大学软件新技术国家重点实验室强大的技术积累和研发力量，由唐恩科技与栖霞区政府、仙林大学城合作共建的新型研发机构。研究院拥有精确定位、智能视觉、自动驾驶、机器人、深度学习和大数据分析等软件新技术，开发智能制造领域的支撑软件和应用系统。

中国电子科技集团公司第十四研究所（14所） ：学科研究机构包括国家级天线与微波技术重点实验室、轨道交通信号工程技术研究中心等。

南京信息技术研究院 ：国家部委直属的尖端科研机构，专业方向涉及计算机、电子、通信等多个领域。

中科南京人工智能创新研究院 ：专注于人工智能领域的研究和开发。

南京集成电路设计自动化技术创新中心 ：专注于集成电路设计自动化技术的创新。

东南大学-无锡集成电路技术研究所 ：涉及集成电路技术的研究。

这些研究机构和公司在南京的软件和信息技术领域具有重要的影响力和贡献。