在职研究生在一些企业不被承认的原因主要包括以下几点：

时间安排 ：在职研究生需要在工作与学习之间分配时间，这可能导致他们在学习上投入的时间和精力不足，无法与全日制研究生相比。

学习环境 ：在职研究生在工作场所学习，可能无法享受到与全日制研究生相同的实验设备、图书馆资源等学术环境。

实践经验 ：在职研究生相对缺乏与全日制研究生相同的科研实践机会，这可能影响他们的科研能力和研究学习能力。

课程设置 ：在职研究生与全日制研究生的课程设置和学习方式可能存在差异，这可能导致企业对其学历的承认度有所不同。

毕业证书的价值 ：一些单位认为在职研究生的毕业证书不如全日制研究生的毕业证书有价值，因为在职研究生的学习时间往往比全日制研究生长，毕业难度也相对较低。

培养方式与能力质量 ：在职研究生的培养方式往往会影响到其能力质量的发展，一些人认为在职研究生对学习的时间分配比较难，且缺少在学校生活中的沉浸感和交流环境。

就业竞争力 ：许多在职研究生在就业市场上的竞争力往往比不过全日制研究生，因为一些企业存在有优先录用全日制研究生的偏见。

然而，值得注意的是，并非所有企业都不承认在职研究生的学历。很多企业，特别是国有企业，通常会认可在职研究生的学历，并会综合考虑在职研究生在工作中的实际成果和经验。此外，国家政策层面承认在职研究生，其学历学位证书的颁发均受到国家相关法律法规的严格监管，具备与全日制研究生同等的法律地位和社会认可度。

因此，建议在职研究生在报考和求职过程中，充分了解企业的实际需求和认可情况，同时注重提升自己的实际工作能力和工作经验，以增加自己的竞争力。