考研微生物类的主要专业方向包括：

资源与应用微生物学 ：研究微生物资源的开发和应用，包括微生物资源的收集、保存、评价和利用等方面。

病原微生物学 ：研究病原微生物的生物学特性、致病机制、感染过程及防治方法等。

微生物发酵与代谢工程 ：研究微生物发酵过程、代谢途径及其调控，以及代谢产物的生产与应用。

生物防治微生物学 ：研究利用微生物进行生物防治的理论和技术，包括微生物农药、微生物肥料等。

环境微生物学 ：研究微生物与环境之间的相互作用，包括微生物在环境监测、污染治理等方面的应用。

真菌学 ：研究真菌的生物学特性、分类、生态、生理、代谢及其在工业、农业、医学等方面的应用。

分子生物学 ：研究微生物基因的结构、功能及其表达调控。

生物化学 ：研究微生物的化学过程和反应机制。

生物技术 ：应用生物学原理和技术进行产品开发和应用研究。

海洋生物学 ：研究海洋中的微生物及其生态过程。

植物学 ：研究植物的生物学特性和分类。

生理学 ：研究生物体的基本生命活动过程。

此外，还有一些院校可能会根据自身的研究特色和资源条件，设置一些特定的研究方向，例如：

微生物生态 ：研究微生物与其环境之间的相互作用及其生态过程。

工业微生物学 ：研究微生物在工业生产中的应用，如生产抗生素、酶等。

极端环境微生物学 ：研究在极端环境下（如高温、低温、高盐等）生存的微生物。

微生物制药 ：研究微生物在制药工业中的应用，如生产疫苗、生物药物等。

建议考生在选择考研方向时，结合自己的兴趣和职业规划，查看目标院校的招生专业目录，以获取最准确的信息。