选择自动化考研院校时，可以考虑以下几所知名高校：

清华大学 ：清华大学在自动化专业方面拥有雄厚的科研实力，自动化系在教育部评估中多次名列第一，是国内外知名的自动化专业高校。

哈尔滨工业大学 ：哈工大是985和211工程的重点院校，其电气自动化专业具有悠久的历史和优秀的师资力量，是自动化考研的热门选择之一。

浙江大学 ：浙江大学在自动化考研推荐院校中名列前茅，其控制科学与工程学院历史悠久，底蕴深厚，培养了大量自动化领域的优秀人才。

上海交通大学 ：上交大的自动化专业在智能控制和机器人方向具有显著优势，拥有雄厚的师资和良好的教学环境。

华中科技大学 ：华科大的自动化专业在就业方向上比较广泛，毕业生可以在多个领域从事系统分析、系统设计、系统运行等工作，具有很高的实践应用能力。

西安交通大学 ：西交大的自动化专业在科研实力和历史底蕴上非常强大，特别是在智能控制和机器人方向处于领先地位。

天津大学 ：天大是985重点建设高校，机械设计制造及其自动化专业是天津市首批重点学科，就业情况良好。

南京大学 ：南京大学的自动化专业实力较强，拥有优秀的师资力量和教学资源。

北京理工大学 ：北理工的自动化专业实力也较强，是自动化考研的推荐院校之一。

北京航空航天大学 ：北航的自动化专业在行业内也有很高的声誉，尤其是在航空航天领域。

根据以上信息，如果你对某个特定方向（如智能控制、机器人技术等）有浓厚兴趣，或者希望在某个特定地区（如东部沿海、西北地区等）发展，可以优先考虑相应地区或方向的院校。此外，还可以考虑自己的实际情况，如学术背景、科研能力、就业期望等，选择最适合自己的院校。

建议 ：

清华大学 和 哈尔滨工业大学 在自动化领域具有顶尖的科研实力和教学资源，适合科研能力较强、希望进入顶尖学府的学生。

浙江大学 和 上海交通大学 在智能控制和机器人方向有显著优势，适合对这些方向有浓厚兴趣的学生。

华中科技大学 和 西安交通大学 在就业方向上比较广泛，适合希望在不同领域就业的学生。

天津大学 和 南京大学 在机械设计制造及其自动化专业方面有较强实力，适合希望在这些领域发展的学生。

北京理工大学 和 北京航空航天大学 在航空航天领域有较高声誉，适合希望在这一领域发展的学生。