北医和复旦都是中国顶尖的医学院校，其医学专业在国内具有很高的声誉和地位。以下是一些关于两校医学专业的比较：

复旦大学 ：

临床医学 ：复旦大学的临床医学在国内与北京大学并列第二，就业前景广阔，医学界的天花板，省级公立医院任选。5年制本科学生的就业率分别为97.6%、100.0%、92.8%，毕业去向主要是升学（包括专业硕士和4证的一致等），进入医疗机构工作，升学比例为50%左右。

医学专业整体 ：复旦大学医学专业是很强的，国内一流水平。就业最差的是基础医学和临床医学五年制，毕业等于失业，除了考研几乎没有任何出路。临床医学八年制、预防医学、药学的就业形势差不多，方向不一样。喜欢看病就选临床医学八年制。预防医学毕业以后可以去公共卫生机构。药学毕业之后主要从事药事工作或者药物研发之类的。

北京大学 ：

医学部 ：北京大学医学部毕业以后在北京找一个医生的工作应该没问题，头部医院进不去，进个区里三甲总可以吧，三甲也进不去，再不济进一个镇上的二级医院总没问题吧？只要留在北京当医生，在当地（市里或者镇上）也就是中上层，小孩读书，老师也会给点面子，当个家委会什么的。

建议

如果你对医学专业有浓厚兴趣，并且希望在上海发展，复旦大学是一个非常好的选择。 复旦大学的医学专业不仅在国内排名前列，而且就业前景广阔，尤其是临床医学八年制，提供了更多的专业选择和发展方向。

如果你更倾向于留在北京发展，并且希望获得更多的资源和机会，北京大学医学部可能更适合你。 北大医学部的毕业生在北京的就业市场具有很大的竞争力，能够进入顶级医院工作。

综合考虑，两校在医学专业方面都非常优秀，具体选择还需根据个人兴趣、职业规划以及地域发展需求来决定。