二者的区别主要有：

1、学科范畴不同：管理科学与工程属于社会科学与自然科学相互渗透而形成的软科学范畴，并由管理学基础理论与工程技术相结合的交叉学科，因此，具有基础科学与生产科学的双重属性。工商管理虽然也属于软科学中的管理学范畴，但它不具有生产科学的属性，而属于应用科学领域。

2、研究对象不同：管理科学与工程着眼于对各种社会、生产系统进行设计、评价、决策、改进、实施和控制，针对的是社会、生产系统的生产过程的规划与创新。工商管理则着眼于对已有的社会、生产系统基础上进行科学管理。

3、职能不同：管理科学与工程的职能是规划、设计、评价、决策和创新，旨在探索有效地利用各种资源的途径。工商管理是通过实施计划、组织、人员配备、指导与领导制的职能，旨在协调他人的活动，使其同自己一起实现既定目标的活动过程。

4、管理科学与工程的目的是培养的专门人才必须经过工程师的基本训练，具备较为广博的基础科学和生产科学的基本知识，以管理学和工程技术基本知识为核心，以管理科学理论、方法为技术支撑，具有把人员、物资、设备、能源和信息等资源组成为富有生产力的系统和独立从事系统规划、设计与创新活动的能力。确切地说，管理科学与工程学科培养的是具有管理与工程技术相融合知识结构的复合型技术人才。

5、工商管理学科的目的是培养的专门人才应具备经济、效益观念，侧重于掌握会计学、财务管理、市场营销及人力资源管理等应用科学领域的专门知识和方法，运用管理科学理论和手段，以及经营经验，对已有的社会生产系统进行经营，以实现社会生产系统经济效益的最大化。