民国时期的十三所教会大学在专业设置上涵盖广泛领域，主要包括以下学科方向：

主要专业类别

神学与宗教学

所有教会大学均设有神学院或相关专业，如基要神学、教牧神学等。

人文社科类

文学院：文学、语言学、历史学、哲学、艺术史等。

社会科学：经济学、心理学、社会学、政治学、法学（如东吴大学以法学闻名）。

自然科学与工程

理学院：数学、物理、化学、生物学、地理学等。

工程与技术：计算机科学、电子工程、机械工程等（如沪江大学相关专业）。

医学与健康科学

医学院（华西协合大学、齐鲁大学等）：临床医学、护理学、药学、公共卫生等。

农学

农业专科（金陵大学、岭南大学等）：农业科学、园艺学等。

教育与商业

教育学院：幼儿教育、教育管理等。

商学院：会计学、金融学、市场营销等（如圣约翰大学、沪江大学）。

特色研究机构

国学研究所（燕京大学、金陵大学等）：专注于中国传统文化研究。

区域研究：如亚洲研究、环境研究等（部分大学开设）。

补充说明

历史变迁：1952年院系调整后，这些大学的专业分散到现985/211高校中。例如：

金陵大学农学院并入南京农业大学。

燕京大学文科并入北京大学，法学并入中国政法大学。

国际化特色：多数教会大学采用英文授课，文凭受欧美认可，部分专业（如医学、神学）享有国际声誉。

如需具体某所大学的专业详情，可进一步提供名称以便补充。