公司稽查的主要工作包括以下几个方面：

财务检查：对企业账目进行详细检查，确保财务记录的准确性和完整性。

税务合规性审核：核实企业的纳税申报情况，检查是否存在税务违规行为，如虚报、漏报、少报、逃税等。

资金流监控：对企业资金流动进行检查，以确认收入、支出和纳税情况的真实性。

经营状况审查：审查企业的经营活动和交易，以发现是否存在虚假交易或其他问题。

内部控制评估：评估企业内部控制系统，确保企业各环节的内控制度得到有效执行。

预算执行情况稽核：检查企业各部门的预算执行情况，确保预算的合理使用。

合同执行情况稽核：审查企业合同的履行情况，确保合同条款得到遵守。

市场核查监督：对文化经营场所等进行日常监督，调查产品销售状况，处理假冒伪劣商品和窜货等问题。

发票及合同核查：检查发票合规性和合同真实性，确保发票流、资金流、货物流（及合同流）一致，防止虚假交易。

收入及成本检查：检查企业收入是否如实入账，关注往来款项中的“隐形收入”，检查成本结转与收入匹配情况，防止多结转成本。

上下游账簿查询：查询上下游企业账簿，确保交易真实性和可靠性，追踪资金流向，形成完整证据链。

特定行为监控：监控频繁公转私、私转私行为，大额账户交易，滥用税收优惠政策等特定行为，防范税收风险。

打击“三假”行为：对假公司、假出口、假申报行为零容忍，严厉打击，维护税收公平和市场经济秩序。

以上信息均根据相关网站信息整理得出。