石河子大学设有多个学院，开设了大量本科专业，涵盖多个学科门类。以下是部分学院及其专业的介绍：

经济与管理学院：农林经济管理、工商管理、市场营销、经济学、国际经济与贸易、会计学、财务管理、经济统计学、金融学、物流学、人力资源管理、电子商务、审计学等。

法学院：法学、政治学与行政学、公共事业管理、历史学、旅游管理、社会工作等。

外国语学院：英语、俄语、阿拉伯语、波斯语等。

文学艺术学院：汉语言文学、广播电视学、新闻学、音乐学、美术学、环境设计、视觉传达设计、汉语言、中国少数民族语言文字、音乐表演等。

师范学院：教育学、学前教育、科学教育、应用心理学、教育技术学、数学与应用数学、物理学、地理科学、汉语言文学、化学、英语等。

体育学院：体育教育、运动训练等。

理学院：信息与计算科学、应用物理学、土地资源管理、人文地理与城乡规划等。

生命科学学院：生物科学、生物技术等。

机械电气工程学院：农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、工业工程等。

水利建筑工程学院：农业水利工程、水利水电工程、土木工程、建筑学、给排水科学与工程等。

信息科学与技术学院：计算机科学与技术、电子信息工程、信息管理与信息系统、软件工程等。

化学化工学院：化学工程与工艺、应用化学、环境工程、材料科学与工程、化学等。

食品学院：食品科学与工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程等。

药学院：药学。

农学院：农学、种子科学与工程、植物保护、农业资源与环境、园艺、设施农业科学与工程、林学、园林等。

动物科技学院：动物科学、动物医学等。

医学院：临床医学、护理学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验技术等。

学校还有23个教学机构，开设99个本科专业。