公司转让车辆开票的流程如下：

开具二手车销售统一发票 ：

公司需要到二手车交易市场开具《二手车销售统一发票》。这是专门用于二手车交易的发票，内容应包括车辆的售价、车辆信息、买卖双方信息等。

增值税的计算和申报 ：

根据车辆的购买时间和使用情况，公司可能需要按照不同的增值税税率来计算和申报增值税。例如，出售的是应征消费税的车辆且购置时间在2013年8月1日以后，应按照17%的适用税率征收增值税，并自行开具增值税专用发票。如果不征消费税的车辆且购置时间在2009年1月1日以后，也应按照17%的适用税率征收增值税。其他情况下，可能需要按照3%的征收率减按2%征收增值税，并通过二手车交易市场开具二手车销售统一发票。

办理车辆过户手续 ：

开具了二手车销售统一发票后，买卖双方还需要到车辆管理部门办理车辆过户手续。这通常包括提交车辆转让的相关文件、缴纳必要的税费等。只有完成了过户手续，车辆的所有权才算正式转移。

填写发票内容 ：

发票内容应包括购买方和销售方的名称、纳税人识别号、地址、电话等。开票方需为一般纳税人的，应按照适用税率开具增值税专用发票或普通发票。如果转让的车辆是二手车，且符合相关税收优惠政策，可按规定享受减征增值税等优惠。

保存相关凭证 ：

企业应妥善保管好车辆转让的相关凭证，如合同、付款凭证等，以备税务部门的查验。

咨询当地税务机关 ：

若在开票过程中出现问题或疑问，应及时咨询当地税务机关，以确保开票行为的合法性和合规性。

建议：

确保所有车辆信息的准确性和完整性，以避免在过户和税务申报过程中出现问题。

根据公司的纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人），选择正确开具增值税专用发票或普通发票。

及时办理车辆过户手续，确保车辆所有权顺利转移。