北京大学设有多个研究院，涵盖了不同的学科和研究领域。以下是一些主要的研究院：

理学部研究院

数学科学学院

物理学院

化学与分子工程学院

生命科学学院

城市与环境学院

地球与空间科学学院

心理与认知科学学院

建筑与景观设计学院

信息与工程科学部研究院

信息科学技术学院

工学院

计算机科学技术研究所

软件与微电子学院

环境科学与工程学院

软件工程国家工程研究中心

人文学部研究院

中国语言文学系

历史学系

考古文博学院

哲学系（宗教学系）

外国语学院

艺术学院

对外汉语教育学院

歌剧研究院

社会科学学部研究院

国际关系学院

法学院

信息管理系

社会学系

政府管理学院

马克思主义学院

教育学院

新闻与传播学院

体育教研部

新媒体研究院

教育财政科学研究所

经济与管理学部研究院

经济学院

光华管理学院

人口研究所

国家发展研究院

医学部研究院

基础医学院

药学院

公共卫生学院

护理学院

医学人文学院

医学继续教育学院

第一医院

人民医院

第三医院

口腔医院

北京肿瘤医院

第六医院

深圳医院

首钢医院

国际医院

滨海医院

跨学科类学部研究院

元培学院

燕京学堂

先进技术研究院

前沿交叉学科研究院

中国社会科学调查中心

分子医学研究所

科维理天文研究所

核科学与技术研究院

北京国际数学研究中心

海洋研究院

现代农学院

人文社会科学研究院

特色研究院

国家发展研究院（NSD）

新结构经济学研究院

全球健康发展研究院

文化产业研究院

工学院工程技术研究院

创新研究院

麦戈文/IDG脑研究所

这些研究院在各自的领域内进行前沿研究和教学，为学术界和产业界培养高素质人才，并产生了一系列有影响力的科研成果。