复旦大学拥有众多实验室，涵盖了不同的学科和研究领域。以下是一些复旦大学的重要实验室：

国家重点实验室

应用表面物理国家重点实验室

专用集成电路与系统国家重点实验室

遗传工程国家重点实验室

医学神经生物学国家重点实验室

聚合物分子工程国家重点实验室

教育部重点实验室

计算神经科学与类脑智能教育部重点实验室

非线性数学模型与方法教育部重点实验室

计算物质科学教育部重点实验室

微纳光子结构教育部重点实验室

核物理与离子束应用教育部重点实验室

现代人类学教育部重点实验室

生物多样性与生态工程教育部重点实验室

医学分子病毒学教育部重点实验室

分子医学教育部重点实验室

智能化递药教育部重点实验室

公共卫生安全教育部重点实验室

癌变与侵袭原理教育部重点实验室

电磁波信息科学教育部重点实验室

特性材料与技术教育部重点实验室

上海市重点实验室

上海市现代应用数学重点实验室

上海市分子催化与功能材料重点实验室

上海市智能信息处理重点实验室

上海市周围神经显微外科重点实验室

上海市医学图像处理与计算机辅助手术重点实验室

上海市器官移植重点实验室

上海市女性生殖内分泌相关疾病重点实验室

上海市大气颗粒物污染防治重点实验室

上海市数据科学重点实验室

上海市针灸视机制与穴位功能重点实验室

上海市视觉损害与重建重点实验室

上海市乳腺肿瘤重点实验室

上海市出生缺陷防治重点实验室

上海市老年医学临床重点实验室

上海市肾脏疾病与血液净化重点实验室

其他重要实验室

复旦大学化学实验室

生物医学工程实验室

微电子与固体电子学实验室

先进材料实验室（科技创新平台）

系统软件与安全实验室

复旦大学还有“新基石科学实验室”等研究平台，以及多个工程技术研究中心和人文社会科学重点研究基地。这些实验室和研究中心为复旦大学乃至全国的科研发展和人才培养做出了显著贡献