中国农业科学院拥有多个直属研究所，以下是部分研究所的列表：

1. 作物科学研究所（作科所）

2. 植物保护研究所（植保所）

3. 蔬菜花卉研究所（花卉所）

4. 农业环境与可持续发展研究所（环发所）

5. 北京畜牧兽医研究所

6. 蜜蜂研究所（蜜蜂所）

7. 饲料研究所（饲料所）

8. 农产品加工研究所

9. 生物技术研究所

10. 农业经济与发展研究所（农经所）

11. 农业资源与农业区划研究所（资源区划所）

12. 农业信息研究所（信息所）

13. 农业质量标准研究所（质量标准所）

14. 蚕业研究所

15. 甘薯研究所

16. 烟草研究所

17. 棉花研究所

18. 油料研究所

19. 麻类研究所

20. 水稻研究所

21. 柑桔研究所

22. 沼气研究所

23. 特产研究所

24. 甜菜研究所

25. 果树研究所

26. 上海兽医研究所

27. 哈尔滨兽医研究所

28. 兰州兽医研究所

29. 兰州牧药研究所

30. 草原研究所

31. 南京机械化研究所

32. 研究生院

33. 水科院

34. 蜜蜂研究所

35. 饲料研究所

36. 作物科学研究所

37. 植物保护研究所

38. 蔬菜花卉研究所

39. 农业环境与可持续发展研究所

40. 北京畜牧兽医研究所

41. 蜜蜂研究所

42. 饲料研究所

43. 农产品加工研究所

44. 生物技术研究所

45. 农业经济与发展研究所

46. 农业资源与农业区划研究所

47. 农业信息研究所

48. 农业质量标准研究所

49. 蚕业研究所

50. 甘薯研究所

51. 烟草研究所

52. 棉花研究所

53. 油料研究所

54. 麻类研究所

55. 水稻研究所

56. 柑桔研究所

57. 沼气研究所

58. 特产研究所

59. 甜菜研究所

60. 果树研究所

61. 上海兽医研究所

62. 哈尔滨兽医研究所

63. 兰州兽医研究所

64. 兰州牧药研究所

65. 草原研究所

66. 南京机械化研究所

67. 研究生院

68. 水科院

69. 蜜蜂研究所

70. 饲料研究所

71. 作物科学研究所

72. 植物保护研究所

73. 蔬菜花卉研究所

74. 农业环境与可持续发展研究所

75. 北京畜牧兽医研究所

76. 蜜蜂研究所

77. 饲料研究所

78. 农产品加工研究所

79. 生物技术研究所

80. 农业经济与发展研究所

81. 农业资源与农业区划研究所

82. 农业信息研究所

83. 农业质量标准研究所

84. 蚕业研究所

85. 甘薯研究所

86. 烟草研究所

87. 棉花研究所

88. 油料研究所

89. 麻类研究所

90. 水稻研究所

91. 柑桔研究所

92. 沼气研究所

93. 特产研究所

94. 甜菜研究所

95. 果树研究所

96. 上海兽医研究所

97. 哈尔滨兽医研究所

98. 兰州兽医研究所

99. 兰州牧药研究所

100. 草原研究所