厦门大学拥有多个研究院，以下是部分研究院的列表：

1. 环境与生态研究院

2. 厦门大学癌症防治中心

3. 新能源及材料研究院

4. 海洋与地球科学研究院

5. 医学影像与核医学研究中心

6. 生命科学研究院

7. 经济管理研究院

8. 光电子技术与系统国家重点实验室

9. 法律科技研究院

10. 能源材料化学协同创新中心

11. 台湾研究院

12. 财务管理与会计研究院

13. 教育研究院

14. 系统与控制研究中心

15. 语言技术中心

16. 数字医疗技术研发中心

17. 模式分析与机器智能研究中心

18. 云计算与大数据研究中心

19. 海西信息通信产业协同创新中心共建机构

20. 智能图像与信息处理研究室（ATR第六研究室）

21. 智能控制与智能计算联合研究中心

22. 闽南语语音及语言联合实验室

23. 网络信息安全联合实验室

24. 能源研究院

25. 教育部重点实验室：文理交叉计量经济学重点实验室

26. 教育部人文社会科学重点研究基地：宏观经济研究中心

27. 福建省“2011协同创新中心”：能源经济与能源政策协同创新中心

28. 福建省重点实验室：统计科学重点实验室（厦门大学）

29. 福建省人文社科重点研究基地：金融研究中心、世界经济研究中心、公共财政研究中心

30. 福建省高校特色新型智库：社会经济政策量化评估中心

31. 其他科研机构：邹至庄经济研究中心、现代政治经济学研究中心、企业并购研究中心、王亚南经济研究院、中国民间金融研究中心、兴业银行金融创新研究中心、经济学院经济研究所、经济学院宏观经济研究中心、经济学院中国能源经济研究中心

这些研究院涵盖了广泛的学科领域，包括环境科学、医学、经济管理、法学、能源科技等，并在各自的研究领域内具有一定的影响力。