小智在神奇宝贝系列中拥有的神奇宝贝包括：

1. 皮卡丘 - 小智最初的伙伴，属性是电气，特性是静电。

2. 妙蛙种子 - 小智在第十话中得到的神奇宝贝，属性是草加毒，特性是茂盛。

3. 小火龙 - 小智在第十六话中收服的神奇宝贝，属性是火炎加飞行，特性是猛火。

4. 杰尼龟 - 小智在早期收服的神奇宝贝之一。

5. 大钳蟹 - 小智的神奇宝贝之一。

6. 鬼斯通 - 小智的神奇宝贝之一。

7. 火暴猴 - 小智的神奇宝贝之一。

8. 臭臭泥 - 小智的神奇宝贝之一，以其柔软的身体著称。

9. 肯泰罗 - 小智的神奇宝贝之一。

10. 乘龙 - 小智的神奇宝贝之一。

11. 卡比兽 - 小智的神奇宝贝之一。

12. 赫拉克罗斯 - 小智的神奇宝贝之一。

13. 菊草叶 - 小智的神奇宝贝之一。

14. 火球鼠 - 小智的神奇宝贝之一。

15. 小锯鳄 - 小智的神奇宝贝之一。

16. 猫头夜鹰 - 小智的神奇宝贝之一。

17. 小小象 - 小智的神奇宝贝之一。

18. 由基拉 - 小智的神奇宝贝之一。

19. 傲骨燕 - 小智的神奇宝贝之一。

20. 木守宫 - 小智的神奇宝贝之一。

21. 龙虾小兵 - 小智的神奇宝贝之一。

22. 煤炭龟 - 小智的神奇宝贝之一。

23. 雪童子 - 小智的神奇宝贝之一。

24. 长尾猴 - 小智的神奇宝贝之一。

25. 胖胖翁 - 小智的神奇宝贝之一。

26. 树苗龟 - 小智的神奇宝贝之一。

27. 叉尾浮鼬 - 小智的神奇宝贝之一。

28. 小火猴 - 小智的神奇宝贝之一。

29. 天蝎 - 小智的神奇宝贝之一。

以上是根据提供的信息整理出的小智所拥有的神奇宝贝列表。请注意，这个列表可能不全面，因为可能存在不同版本的神奇宝贝系列，其中小智可能拥有更多或更少的神奇宝贝。如果您需要更详细的信息，请告诉我