电子账册和电子手册都是企业用于记录和管理加工贸易信息的电子化管理工具，它们的主要区别在于：

账册与手册的设立 ：

电子账册：企业只需建立一个账册，涵盖所有签订的合同和进出口核销信息，账册在企业不再进行加工贸易时才会被撤销。

电子手册：企业根据签订的每个加工贸易合同分别建立手册，合同执行完毕后对应的手册会被撤销。

适用对象 ：

电子账册：通常适用于大型企业，这些企业信誉度较高，进出口量大，效益好。

电子手册：适用于一般企业，即纸质手册的电子版形式。

核销管理 ：

电子账册：海关根据企业的生产情况和监管需要确定核销周期，并据此进行核销管理。

电子手册：海关根据每个加工贸易合同的有效期限确定核销日期，并进行定期核销管理。

报关流程 ：

电子账册：企业预录入信息生成报关清单，报关时只需申报清单编号，不需提交额外资料给海关。

电子手册：与纸质手册在报关流程上相同，但无纸质手册，企业需使用电子方式进行备案和申请。

数据存储与检索 ：

电子账册：数据存储在电子文件中，可以通过关键词搜索和索引功能快速查找特定会计信息。

电子手册：数据存储在电子文件中，但检索方式可能不如电子账册便捷。

安全性 ：

电子账册：可以进行数据加密和备份，提高数据的安全性和可靠性。

电子手册：虽然也具备一定的数据安全性，但可能不如电子账册完善。

总结来说，电子账册相对于电子手册在管理效率、数据存储、检索能力以及安全性方面具有明显优势，适用于规模较大、信誉度较高的企业。而电子手册则适用于一般企业，提供与纸质手册类似的流程，但以电子版形式存在