空调系统中使用氨和氟作为制冷剂的主要区别包括：

一次性投资 ：

氨制冷系统通常投资较高，因为其系统庞大、辅机多、高压容器多、管路复杂。

氟制冷系统投资相对较少，因为其制冷机组自动化程度高，结构简单，使用方便。

运行成本 ：

氨制冷系统的工质价格低廉，单位制冷量大，耗电较少，因此运行成本较低。

氟制冷系统的工质价格较高，单位制冷量较小，耗电相对较多，运行成本较高。

环保特性 ：

氨作为自然工质，消耗臭氧系数低，对环境无污染。

氟制冷系统的CFCs工质虽然消耗臭氧系数低，但地球变暖系数高，对环境有一定破坏作用。

节能特性 ：

氨制冷系统的制冷系数COP较大，节能效果较好。

氟制冷系统的制冷系数COP较小，节能效果较差。

安全性 ：

氨具有毒性，空气中的氨浓度达到一定水平时可能引起中毒、燃烧甚至爆炸，因此在使用时需要特别的注意。

氟利昂（如R22和R404A）系统使用的制冷剂无色、无味、不可燃烧，不会爆炸，相对更安全。

控制对比 ：

氨系统需要专人看守操作，无法实现自动化运行。

氟系统可实现远程自动控制，提高机组运行的安全性和可靠性。

适用范围 ：

氨系统通常适用于大中型冷冻冷藏、工业制冷、制冰、人工冰场和间接式中央空调。

氟系统适用于冰箱、冰柜、展示柜、家用空调、商用空调、中小型冷库和冷冻、工厂低温空调、矿井空调、冰激凌、冷饮、食用冰、人工冰场及小型工业制冷等。

在选择空调制冷系统时，应根据具体的应用场景、投资预算、运行成本、环保要求、安全性考虑以及控制需求等因素进行综合评估。需要注意的是，随着时间的推移，由于环保法规的更新，一些制冷剂可能面临淘汰的风险，因此在选择时应考虑最新的法规和技术进展