商家自营和自营的主要区别体现在以下几个方面：

店铺性质 ：

京东自营 ：京东直接购买商品并自己销售和发货，拥有京东的品牌保障和售后服务。京东对商品的采购、库存管理、销售、配送以及售后等环节都有较强的掌控权。

POP店 ：第三方店铺模式，商家自行在京东平台上开设并运营店铺，京东提供平台和相关服务支持。商家拥有店铺的自主经营权，包括商品的选品、定价、促销活动、店铺装修等。

配送 ：

京东自营 ：由京东负责配送发货，拥有自己的物流体系，配送速度快，服务质量高。消费者通常能够享受到快速的物流服务，例如“211限时达”等服务。

POP店 ：商家自己找快递公司发货，物流配送的速度和服务质量取决于商家选择的快递公司。不同的商家可能会选择不同的快递公司，因此消费者在购买POP店商品时，物流配送的体验可能会有所差异。

入驻方式 ：

POP店入驻 ：需要企业营业执照、商标注册证或品牌授权书、法人身份证明、开户许可证等基础资料。此外，可能还需要提供公司介绍、品牌介绍、销售数据及运营计划等材料。

自营入驻 ：除了基础资料外，还需要提供公司介绍、品牌介绍、销售数据及运营计划等更详细的资料。自营对商家的资质要求较高，审核也更为严格。

费用 ：

京东自营 ：保证金为5万-10万元，具体金额根据商品类别而定。平台扣点或毛保也相对较高。

POP店 ：保证金为1000-10万元，大部分产品的保证金是1000或5000元，少数类目如手机、优惠券等保证金为10万元。平台扣点和保证金较低，申请难度相对较低。

流量和资源 ：

京东自营 ：京东会给予自营店更多的流量和资源，包括促销活动和推广等官方资源，以保障销量和利润。但这也意味着自营店的利润空间相对较小。

POP店 ：流量和资源相对较少，除非商家进行大量推广，否则难以与自营店竞争。但商家可以自主决定商品价格和促销活动，利润空间相对较大。

售后 ：

京东自营 ：由京东负责售后服务，消费者购买自营商品可以享受京东的售后服务标准。

POP店 ：商家需要自行负责售后服务，京东仅提供监督和支持。

总结：

商家自营和自营在店铺性质、配送、入驻方式、费用、流量资源及售后方面均有明显的区别。自营模式更适合对品牌和服务质量有较高要求的商家，而POP店模式则适合希望更多自主经营权和灵活性的商家。