企业不能开增值税专用发票的原因是企业向消费者个人销售货物或者应税劳务；销售货物或者应税劳务适用免税规定的；小规模纳税人销售货物或者应税劳务的。

商业企业一般纳税人零售烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品；销售免税货物；会计核算不健全。增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。增值税专用发票与普通发票的区别表现在如下几个方面：

1、使用范围不同。普通发票使用范围较广。而增值税专用发票只限于增值税一般纳税人使用，使用范围窄；

2、作用上的不同。普通发票只是一种收付款凭证，而增值税专用发票既是财务收支的凭证，又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，是购货方据以抵扣税款的主要依据；

3、开具内容不同。普通发票内容只填写交易的数量、价格。而增值税专用发票既填写交易数量、价格，也填写纳税人税务登记号、开户银行及账号、地址、电话号码和税款；

4、价格特征的不同。普通发票反映的是含税价。而增值税专用发票反映的价格是不含税价等内容；

5、抵扣条件不同。增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且是增值税一般纳税人购买方的抵扣凭证。而增值税普通发票除税法规定的经营项目外都不能抵扣。