针对高三恶意补课的问题，可以采取以下几种处理方式：

沟通与协商

首先尝试与学校管理层或老师沟通，表达自身的诉求和理由，要求停止强制补课并退还已收取的费用。学校可能会考虑调整补课政策或退还部分费用。

投诉举报

如果与学校沟通无果，可以向当地教育行政部门投诉举报，并提供相关证据。教育行政部门将进行调查处理，并可能采取相应措施，如责令停止补课、退还费用等。

法律援助

若学校和教育行政部门未能妥善处理，学生或家长可以寻求法律援助。律师将根据具体情况提供法律意见，并协助通过法律途径维护学生权益，这可能包括起诉学校或教育行政部门，要求赔偿损失等。

遵循教育公平原则

确保所有学生都能在公平的环境下接受教育，避免因个别学生补课而影响其他学生的学习效果。

寻求教育部门的指导

如果存在违规行为，可以向当地教育部门咨询或投诉，了解具体处理规定和可能的处罚措施。

纠正行为

要求学生停止违规补课行为，确保其按照正常的教学进度进行学习。可以向学生和家长发出书面通知，提醒他们合规学习的重要性。

家长参与

与学生的家长进行沟通，告知他们学生的违规行为，并督促他们改正，加强对学生的监管与指导。

教育处罚

根据学校相关规定，对于严重违规补课行为，可以给予相应的教育处罚，如书面警告、扣分、留校察看等。

培训与教育

开展相关补课违规知识与法律法规的培训与教育，增强师生和家长的法规意识与合规意识，防止类似违规行为再次发生。

法律途径

如果补课机构存在违法行为，可以向市场监督部门或法院提起诉讼，要求退还学费或追求其他法律责任。

在处理高三恶意补课问题时，建议首先尝试与学校沟通解决，如果沟通无果，再考虑向教育行政部门投诉或寻求法律援助。同时，关注相关政策和法规的变动，以便更好地维护自身权益。