在建设工程中，专业分包与总包合同的冲突处理需遵循以下原则和规定：

一、合同效力与优先级

合同效力平等

总包合同与专业分包合同均为双方自愿签订，具有同等法律效力，不存在哪个合同优先的问题。

总包合同优先

若两者约定不一致，以总包合同为准。专业分包人需服从总包合同对工程进度、质量、安全等方面的管理要求。

二、核心关系处理

进度与质量管理

分包方进度计划需纳入总包方整体进度管理，总包方负责协调资源与解决进度问题。

分包方对分包工程质量负责，总包方对总工程质量承担连带责任，总包方需对分包方进行质量监督。

安全责任

总包方对施工现场安全负总责，分包方需服从总包方安全管理制度，总包方应审查分包方安全资质并监督其履行安全义务。

工程款与结算

工程款支付需符合总包合同条款，若总包与分包方就价款产生争议，应优先参照总包合同约定处理。

若总包方与分包方恶意拖欠工程款，可依据《民法典》相关规定主张权利，但需提供充分证据。

三、常见冲突解决方式

协商解决

优先通过友好协商解决争议，双方可就冲突条款重新达成一致意见。

法律途径

若协商失败，可向人民法院提起诉讼，法院将依据合同条款及法律规定判定责任。

四、特殊情形说明

违法分包 ：若总包方未经发包方同意擅自分包，或分包方无相应资质，需承担法律责任。

实际施工人权益保护 ：若分包方无合同却实际施工，可主张实际合同关系，但需提供施工证据或发包方自认。

综上，专业分包与总包合同的冲突处理需以总包合同为准，同时兼顾双方合法权益，通过协商或法律途径解决争议。