生物医学工程作为一门跨学科领域，通常包含多个系部，涵盖基础研究、临床应用和工程开发等方面。根据搜索结果，主要系部设置如下：

一、核心系部

生物医学工程系

例如北京大学工学院生物医学工程系，成立于2005年，重点方向包括纳米医学、生物材料与再生医学、医学影像学等。

临床工程系/临床技术系

部分院校将临床工程独立设置，侧重医疗设备研发、临床系统集成及医疗质量改进。

二、细分方向系部

生物材料与再生医学

研究人造关节、心血管支架、可植入材料等，偏向材料学方向。

生物力学与生物信息学

探索人体运动力学、生物信号处理及医学信息挖掘。

医学影像学与分子医学影像学

涵盖CT、MRI等成像技术及分子层面的疾病诊断。

神经医学工程与康复工程

专注脑机接口、康复辅助设备及运动疗法系统开发。

三、相关交叉学科系部

基础医学系/医学影像学系

提供生物学、生理学基础及影像诊断技术培训。

口腔医学系/眼视光医学系

结合工程学与口腔/眼科学，开发定制化医疗解决方案。

预防医学系/护理系

侧重疾病预防策略及医疗护理系统的优化。

四、特色方向说明

纳米医学 ：研究纳米材料在疾病诊断和治疗中的应用。

微创医学 ：开发微创手术器械及术后康复系统。

精神医学工程 ：探索脑电信号处理在精神疾病诊断中的潜力。

五、学科分类参考

根据教育部专业目录，生物医学工程类包含生物医学工程、临床工程、康复工程、健康科学与技术等5个专业方向。

以上系部设置可能因高校学科发展有所调整，建议结合具体院校官网或招生简章进一步确认。