农民专业合作社的管理涉及多个部门，具体职责如下：
一、登记管理主体
工商行政管理部门
全国农民专业合作社的登记管理工作由国务院工商行政管理部门负责，地方则由县（市、区）工商行政管理部门具体办理。
其他相关部门
县级以上农业主管部门、水利、林业、供销等部门依据各自职责，负责农民专业合作社的指导、扶持和服务工作。
二、主要职责分工
工商行政管理部门
负责合作社的注册登记、年检等行政管理工作。
处理与合作社经营相关的市场监管事务。
农业主管部门
制定农业产业政策，引导合作社发展特色农业。
提供农业技术、资金、税收等政策支持。
其他部门
水利部门：指导农业灌溉、水资源管理相关合作。
林业部门：支持林下经济、生态农业合作。
供销部门：促进农产品流通合作。
三、协同工作机制
县级以上人民政府需建立综合协调机制，统筹指导、协调各部门工作。
农业合作社在发展过程中，需同时接受工商、农业等部门的指导与服务。
四、特殊说明
党组织在合作社领办中起核心作用，但具体管理仍需通过法定程序和部门协作实现。
综上，农民专业合作社实行“工商登记+部门指导”的管理体制，既保障市场运营规范，又依托政策资源促进产业发展。
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本文概览：农民专业合作社的管理涉及多个部门，具体职责如下：工商行政管理部门 全国农民专业合作社的登记管理工作由国务院工商行政管理部门负责，地方则由县（市、区）工商行政管理部门具体办理。其他相关部门 县级以上农业主管部门、水利、林业、供销等部门依据