云南高考本科线相对较低的原因可以归纳为以下几点：

招生主力为本省高校 ：云南本省的高校是招生主力，但“纯一本”高校较少，多数学校对省内招生既有一本也有二本，导致一本线相对较低。

人口基数大，竞争激烈 ：云南人口基数较大，参加高考的学生人数较多，增加了竞争压力，使得录取分数线相对较低。

教育资源不足 ：云南地区的经济发展相对滞后，优质教育资源相对较少，教学质量整体不高，影响了学生的学术水平。

地理环境复杂，交通不便 ：云南地理环境复杂，交通不便，限制了学生的学习资源和机会，这也是导致录取分数线较低的一个因素。

高考政策变化 ：近年来，云南高考使用的试卷发生了变化，从全国甲卷更换为全国二卷，考试内容更细致深入，难度增加，对考生来说是一个挑战。

办学质量有待提高 ：云南整体教育水平与其他省份相比仍有差距，需要加大高水平本科院校建设力度，提高教育质量和办学质量。

量化分制度 ：云南实行全国B卷，相对较简单，此外，云南考生还有22分的量化分（会考通过每科有两分的量化分），这使得总分较高。

考生选择倾向 ：云南考生多数选择在本省就读，不愿意出省，这导致本省高校的竞争压力增大，录取分数线也随之提高。

特殊加分制度 ：云南省有大量的少数民族，国家为了照顾这些地区的教育，会给予一定的优惠政策，这也可能导致高考录取分数线相对较低。

综上所述，云南高考本科线较低的原因是多方面的，包括教育资源不足、人口基数大、竞争激烈、地理环境复杂、高考政策变化、办学质量有待提高、量化分制度、考生选择倾向以及特殊加分制度等因素。