淮阴工学院目前设有22个院（部、中心），涵盖教学、科研、管理、后勤等职能领域，具体如下：

一、教学单位

商学院

负责经济管理类专业的教学与科研工作。

人文学院

承担文学、哲学、法学等人文社科类学科的教学任务。

外国语学院

专注于外语教学与语言文化研究。

马克思主义学院

主要开展马克思主义理论教学与思想政治教育。

设计艺术学院

覆盖视觉传达、环境设计等艺术类学科。

体育教学部

负责体育课程与学生体质健康教育。

管理工程学院 （部分）

涵盖工商管理、工程管理等专业。

二、直属机构

发展规划办公室 （原高教所）

创新创业学院 （原翔宇学院办公室）

人事处 （原教学发展科）

国有资产与实验室管理处 （原国有资产办公室、设备管理科）

后勤管理处 （原饮食服务总公司）

学生工作处 （原工程与维修服务中心、环境服务中心）

教育发展基金会秘书处

校友会秘书处

三、学院设置（以机械与材料工程学院为例）

系部设置 ：包含制造工程系、材料工程系、机械设计系、机电工程系等。

省级平台 ：拥有3个ESI全球排名前1%学科（工程学、环境与生态学、化学）。

四、其他重要部门

社会科学处 ：主管哲学社会科学研究与学科建设。

新闻中心 ：负责校园新闻宣传工作。

纪检监察处 ：承担党内监督与纪律检查职能。

五、校区分布

主校区 ：枚乘东路1号（机械与材料工程学院）。

北京路校区 ：清江浦区北京北路89号。

萧湖校区 ：淮安市淮安区城河街1号。

以上信息综合了学校官网及官方文件，部分机构设置可能随时间调整，建议以最新公告为准。