中医药大学的系部设置因学校特色和规模不同有所差异，但通常包含以下核心系部，并可能根据需要设置特色专业方向：

一、基础医学类

中医学系

主要培养中医学专业人才，涵盖七年制、五年制等不同学制方向，包括中医基础理论、临床技能等课程。

部分院校设有基础医学院，包含中医基础理论、中药学、方剂学等课程。

中药学系

专注于中药学、中药资源、中药分析等方向，培养中药研发、临床应用及管理人才。

部分院校设有药学院，涵盖药学、制药工程等方向。

二、临床医学类

针灸推拿学系

培养针灸推拿专业人才，课程包括针灸学、推拿学、康复治疗学等。

中西医结合系

结合中医学与现代医学，培养具有中西医结合诊疗能力的人才。

临床医学院

设有中医临床、西医临床、儿科学、骨伤科学等细分方向，强调临床实践能力。

三、护理与管理类

护理学院

培养护理学专业人才，涵盖基础护理、重症护理、社区护理等方向。

管理学院

设有卫生管理、工商管理、信息管理等专业，培养医疗管理及健康服务人才。

四、其他特色系部

药学院 ：药学、中药制药、生物制药等方向。

公共卫生与健康科学学院 ：流行病学、卫生统计学、预防医学等。

马克思主义学院 ：哲学、社会学、医学伦理学等。

五、重点学科与附属医院

部分院校如北京中医药大学、宁夏医科大学中医学院等，拥有国家“双一流”建设学科，临床实力突出，附属医院覆盖范围广。

注 ：具体系部设置需以各高校官方信息为准，例如北京中医药大学包含中医学、制药工程、针灸推拿学等7个系部，而山东中医药大学则设有基础医学院、护理学院、药学院等。