高考录取系统运行的主要步骤如下：

计算机投档系统排序 ：

计算机投档系统首先对普通本科批次录取控制分数线上尚未被录取的考生，按高考总成绩（含政策照顾）从高分到低分进行排序，即分数优先。

检索平行院校志愿 ：

系统依次检索每位考生填报的A、B、C、D、E……多个平行院校志愿。若考生符合其中一所以上院校的投档条件，则将考生的档案投到平行志愿中序号在前的院校；若考生只符合其中一所院校的投档条件，则将会被投档到该院校（即遵循考生的志愿）。

处理退档情况 ：

考生投档院校后，若不符合院校专业录取要求又被退档，则不再投向该考生在本批次报考的其他平行志愿院校。如院校因将不符合录取条件的考生退档后形成了余缺计划，只能等待参加征询志愿录取，不能再接收该平行志愿的第二次补充投档（即同一批次平行志愿下一次性向全部院校投档，不会二次补档）。

信息管理和安全监控 ：

信息管理组负责根据核定的招生计划和有关投档规则，按照录取工作时间表向高校发送考生电子档案，即“投档”。为了确保精准投档，杜绝任何差错，省里全方位加强投档过程监管，双人检查审核投档规则、学校投档要求等，双人校验投档数据，做到投档有依据、过程留痕迹、事后有审计。

网络卫士负责录取网络系统的正常运行和安全防护，加强对网络攻击等不法侵袭的监测和抵御，以保证录取工作安全顺利进行。

通过以上步骤，高考录取系统能够高效、准确地完成考生的录取工作，确保录取过程的公平、公正和透明。