云南高考自主命题的原因主要有以下几点：

促进基础教育多元化和素质教育 ：

通过自主命题，云南省能够根据本省的教育资源和学生水平，制定更符合本地实际情况的考试内容和大纲，从而推动基础教育改革和素质教育的实施。这有助于发现教育差距，并激发地方教育部门进行教育改革。

体现地方特色和文化 ：

自主命题可以更好地体现云南的地方特色和文化，增强学生对本地文化的认同感和归属感。同时，这也有助于高校有针对性地选拔符合本省需求的人才。

增加考生选择面 ：

在“3+1+2”模式下，考生可以选择多种考试科目组合，这样不仅扩大了考生的选择面，还促进了考生个人爱好、兴趣和特长的发展，更符合教育发展规律和人才成长规律。

教育管理放权 ：

高考分省命题是教育管理的放权之举，赋予地方政府更多的教育统筹管理权限，有助于调动地方政府管理和发展教育的积极性，均衡中央和地方的权限，使政府在教育这一公共事务中发挥更为充分的作用。

提高高考公平性 ：

由于各省使用不同的试卷，避免了因试卷相同而导致的地区间成绩的可比性问题，这在一定程度上减少了其他省份考生对直辖市高考低分的抱怨，提高了高考的公平性和严肃性。

尽管高考自主命题有诸多优势，但也存在一些挑战和问题，如命题质量与水平难以保证、高考安全保密风险、考试成本增加以及可能出现的行政性推广现象等。因此，云南省在实施高考自主命题时，需要不断完善和优化相关措施，以确保高考的有效性和公平性。