南京审计大学目前设有多个学院，涵盖审计、会计、经济、管理、法学、工科等学科领域。截至2024年5月，学校共有16个专业学院和11个特色研究院，35个本科专业。具体院系设置如下：

一、主要学院设置

审计与会计学院

审计学、会计学、财务会计、成本会计、财务管理、审计学（IAEP方向）等专业。

金融学院

金融学、金融工程、保险学等专业。

经济与贸易学院

国际经济与贸易、国际商务、经济学等专业。

工商管理学院

工商管理、市场营销、人力资源管理、物流管理等专业。

公共经济学院

公共管理、财政学、社会保障学等专业。

管理科学与工程学院

工程管理、信息管理与信息系统、工商管理等专业。

法学院

法学、国际法学、知识产权法等专业。

文学院

汉语言文学、新闻学、文学理论等专业。

理学院

数学与应用数学、统计学、物理学等专业。

工学院

计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、电子信息工程等专业。

国际商学院

审计学（中澳合作项目）、财务管理、国际商务等专业。

二、其他说明

政府审计学院 （原审计科学研究院）和 瑞华审计与会计学院 （原会计学院）是校内的特色研究机构。

部分专业如审计学存在多个方向（如IAEP方向），具体以学院最新设置为准。

以上信息综合了2022-2024年官方数据，部分专业设置可能随教学发展调整。