肇庆学院设有多个二级学院，涵盖经济学、法学、教育学、理学、工学等学科门类。截至2024年9月，全院共有22个二级学院，具体如下：

经济与管理学院

营销管理、会计学、人力资源管理等本科专业。

政法学院

法学、政治学与行政学、知识产权等本科专业。

教育科学学院

应用心理学、小学教育、教育技术学等本科专业。

体育与健康学院

体育教育、社会体育指导与管理、休闲体育等本科专业。

文学与传媒学院

汉语言文学、广播电视学、新闻学等本科专业。

外国语学院

英语、商务英语、日语等本科专业。

数学与统计学院

数学与应用数学、统计学、金融数学等本科专业。

生命科学学院

生物科学、生物技术、园林等本科专业。

机械与汽车工程学院

机械设计制造及其自动化、车辆工程等本科专业。

电子与电气工程学院

电子信息科学与技术、电气工程及其自动化等本科专业。

计算机科学与软件学院

计算机科学与技术、软件工程、物联网工程等本科专业。

环境与化学工程学院

化学、环境工程、精细化工等本科专业。

食品与制药工程

食品科学与工程、制药工程等本科专业。

旅游与历史文化学院

旅游管理、历史学、考古学等本科专业。

马克思主义学院

马克思主义理论、思想政治教育等本科专业。

教师教育学院

教育学、课程与教学论等本科专业。

中德设计学院/工业设计学院

工业设计、视觉传达设计等本科专业。

创新创业学院

创业管理、创业教育等本科专业。

补充说明

部分学院如文学与传媒学院、外国语学院等在部分低权威性来源中未明确提及，可能与院系调整有关。

计算机科学与软件学院是省级示范性软件学院，软件工程为省级重点建设专业。

学校学科门类覆盖经济学、法学、教育学等11个领域，拥有9个硕士学位授权点。